Il Pontificio Collegio Croato di San Girolamo è una testimonianza viva della presenza croata plurisecolare a Roma, perché ricorda la memoria delle istituzioni storiche croate a Roma: la Confraternita di san Girolamo con l’ospedale e l’ospizio ed il Capitolo di san Girolamo. La storia di queste istituzioni “illiriche” come si chiamavano all’epoca, le più antiche del popolo croato al di fuori della propria madrepatria, risale al lontano XV secolo, nell’anno 1453 quando papa Niccolò V conferì alla Confraternita di san Girolamo la vecchia chiesetta di Santa Marina, vergine e martire, sulla sponda sinistra del Tevere, oggi nel centro della città. I membri della Confraternita restaurarono la chiesa e la dedicarono a San Girolamo, “maggior studioso della Sacra Scrittura”, nato nel 347 a Stridone, al confine tra le regioni romane della Dalmazia e della Pannonia, odierna Croazia.

Papa Pio VI nel 1790 istituì il “Croaticum” – Collegio per l'educazione sacerdotale dei giovani croati, che tuttavia a causa dell'arrivo dei francesi a Roma operò solo per poco tempo. Esso venne riaperto per due volte nel XIX secolo, ma ogni volta poco dopo l'apertura, a causa di diverse difficoltà e contingenze, fu nuovamente chiuso.

Verso la metà del XIX secolo a causa delle difficoltà economiche, cessarono la propria attività sia l'ospizio che l'ospedale, e quando nel 1897 morì l'ultimo preposto del Capitolo, si diede inizio alla riorganizzazione delle istituzioni di San Girolamo e all'istituzione di un collegio sacerdotale.

Con la bolla “Slavorum Gentem” di Leone XIII del 1901 furono definitivamente abolite le istituzioni di San Girolamo sino ad allora esistenti e istituito il Collegio sacerdotale di San Girolamo per il popolo croato. Per motivi politici, e soprattutto a causa del nome croato presente nella denominazione, il Collegio non poté iniziare la propria attività e il rettore Josip Pazman fu allontanato da Roma e dall'Italia. Già a partire dal successivo anno, nel 1902, fu nuovamente ripristinato l'aggettivo illirico nella denominazione del Collegio, tuttavia neppure questo fu di aiuto per l'apertura del Collegio, che iniziò la propria attività solamente nel 1911 per poi essere nuovamente chiuso nel 1915 a causa della guerra. Il Collegio fu nuovamente aperto solo nel 1924, quando in esso giunsero le Suore di carità da Zagabria. Da allora e sino ad oggi il Collegio opera ininterrottamente.

Negli anni ’30 del XX secolo, durante il rettorato di Juraj Magjerec (1928-1957), sacerdote dell'Arcidiocesi di Zagabria, la città di Roma diede inizio a grandi lavori attorno al Mausoleo di Augusto, situato vicino alla Chiesa, così che all'epoca furono abbattuti tutti gli edifici delle istituzioni storiche di San Girolamo che si trovavano presso la Chiesa stessa, tra cui anche il vecchio edificio sede del Collegio. Il rettore Magjerec nonostante il difficile e complesso periodo storico riuscì a costruire il Collegio così come lo vediamo oggi (1938-39). Egli chiamò anche i migliori artisti croati dell'epoca, come il pittore Jozo Kljaković e lo scultore Ivan Meštrović, affinché con le proprie opere arredassero e abbellissero il nuovo edificio. Ancora oggi infatti nel Collegio si conservano alcune delle loro preziose opere, assieme ad altri artisti successivamente sopraggiunti. Papa Paolo VI, nel 1971, restituì il nome croato al Collegio, che da allora ha la denominazione ufficiale di Pontificio Collegio Croato di San Girolamo (Papinski hrvatski zavod sv. Jeronima).

Il Pontificio Collegio Croato accoglie i presbiteri croati provenienti dalle Diocesi comprese nel Breve “Slavorum Gentem”, inviati a Roma dai rispettivi Vescovi diocesani per ottenere una specializzazione nelle scienze sacre presso le Università Pontificie, perfezionando la loro formazione spirituale e pastorale, al fine di dare così un contributo qualificato al bene comune delle loro Chiese di origine.

Al Collegio è annessa la Chiesa di san Girolamo dei Croati costruita a fundamentis da papa Sisto V nel 1589 a Ripetta sotto il titolo di Chiesa di San Girolamo degli Illirici, talvolta chiamata anche degli Schiavoni. Essa assunse nel 1984 la denominazione ufficiale di Chiesa di San Girolamo dei Croati in Roma. In essa i sacerdoti, superiori e alunni, sono tenuti a svolgere ciò che prima faceva il Capitolo.