Il Pontificio Collegio Missionario Internazionale San Paolo Apostolo, in via di Torre Rossa, trova le sue origini agli inizi degli anni 60 quando fu progettato e costruito dalla Sacra Congregazione guidata dal cardinale Gregorio Pietro Agagianian, per far fronte alle crescenti richieste dei vescovi missionari desiderosi di inviare a Roma, per la formazione ecclesiastica, un numero sempre maggiore di studenti.
Il collegio fu inaugurato ufficialmente il 3 dicembre 1965 da Sua Santità Paolo VI con la denominazione di “Pontificio Collegio Urbano Filosofico de Propaganda Fide”. Durante il discorso nella cappella del Collegio, il Santo Padre, sottolineando che l’inaugurazione si compiva nel giorno dedicato alla memoria liturgica di San Francesco Saverio, affermava che l’avvenire del mondo, nonostante le ombre che vi si addensano oscure, è pieno di speranze e di certezze finché giovani coraggiosi e generosi sono disposti a dedicare la loro vita per la salvezza del mondo stesso. Il 4 luglio 1974 il Collegio venne chiuso e messo a disposizione del Vicariato di Roma assumendo la denominazione di “Villa Emmaus” per organizzare congressi ed ospitare gruppi di pellegrini provenienti dal mondo intero in occasione dell’Anno Santo 1975. Gli studenti presenti furono trasferiti al Collegio Urbano.
Nel 1977 la Sacra Congregazione decise di riavviare il Collegio e destinarlo come alloggio agli studenti provenienti dalle diocesi di competenza della stessa Congregazione per potersi specializzare nelle diverse discipline religiose e scientifiche presso le varie Università Ecclesiastiche di Roma, per poi al rientro nei propri paesi d’origine mettere a frutto gli studi come formatori nei vari seminari locali, negli incarichi pastorali nelle funzioni d’ufficio affidate loro dai relativi Ordinari.
Fu riaperto ufficialmente il 21 aprile con il nome di “Collegio Missionario internazionale San Paolo Apostolo” e gli studenti presenti al Collegio Urbano vennero nuovamente trasferiti al domicilio di via Torre Rossa. Il 17 dicembre dello stesso anno, con un Decreto Pontificio, Sua Santità Paolo VI conferisce al Collegio il titolo di “Pontificio”. Questo sarà l’ultimo anno che vedrà la presenza dei seminaristi al Collegio perché a partire dal nuovo anno accademico saranno presenti unicamente sacerdoti.