Le origini del Collegio San Pietro si possono ricondurre alla lungimiranza e del Cardinale Celso Costantini (1876-1958). Quale Delegato Apostolico in Cina, Costantini aveva intuito la necessità per le giovani Chiese di avere una leadership qualificata. Così, da Presidente della “Pontificia Opera Missionaria di San Pietro Apostolo” (POSPA) diede inizio ad un progetto per la fondazione di un Collegio a Roma dove ospitare giovani sacerdoti provenienti dai paesi di missione. Prima di allora, infatti, venivano accolti a Roma soltanto seminaristi (al Collegio Urbano, fondato nel 1627).

La POSPA era stata fondata come “Società di San Pietro Apostolo per il Clero Indigeno” (1889) e nel 1920 era divenuta “Società Pontificia”, parte della Congregazione di Propaganda Fide. Il 22 gennaio 1946 la POSPA acquistò “Villa Casale” in Viale delle Mura Aurelie, a Roma, che divenne la sede del Collegio. L'amministrazione fu affidata fin dall'inizio alla Società del Verbo Divino (SVD).