La Scuola Allievi Cappellani Militari, situata all'interno della Città Militare della Cecchignola in Roma, costituisce il luogo di discernimento e di formazione dei candidati al sacerdozio, chiamati a esercitare il ministero ordinato nella specificità della Chiesa Castrense e a incardinarvisi. La sua istituzione risale all'8 dicembre 1998, per iniziativa di S.E.R. Mons. Giuseppe Mani, allora Ordinario Militare per l'Italia. Nel ventennale della sua erezione, il 7 dicembre 2018, S.E.R. il Cardinale Pietro Parolin, Segretario di Stato, ha intitolato il Seminario a San Giovanni XXIII, già Cappellano Militare e Patrono dell'Esercito Italiano.

La Scuola Allievi Cappellani Militari rappresenta oggi il cuore formativo della Chiesa dell'Ordinariato Militare, configurandosi non solo come luogo e tempo di formazione, ma soprattutto come comunità educativa in cammino, nella quale si matura la specifica "vocazione nella vocazione" del Cappellano Militare.

Essa non si riduce a una semplice esperienza di convivenza o di condivisione ideale, ma costituisce un'esperienza originale della vita ecclesiale castrense, nella quale il Vescovo Ordinario Militare è presente attraverso il ministero del Rettore (attualmente Pro-Rettore) e il lavoro corresponsabile dell'équipe educativa, orientata alla crescita umana, spirituale e pastorale degli alunni.

Il percorso formativo è ispirato alle direttive del competente Dicastero della Santa Sede, alla Ratio studiorum della Conferenza Episcopale Italiana e alle leggi e consuetudini proprie dell'Ordinariato Militare. La formazione mira a sviluppare una solida vita spirituale, una maturità umana e relazionale e una disponibilità alla formazione permanente, in vista di un ministero da esercitare in contesti pastorali peculiari: villaggi militari, caserme in Italia e all'estero, missioni operative, unità navali e accampamenti isolati, spesso caratterizzati da complessità culturali e operative.

Attualmente, la comunità della Scuola Allievi Cappellani Militari è composta da due allievi nella tappa propedeutica, cinque allievi nella tappa discepolare, sei allievi nella Tappa configuratrice e due diaconi transeunti nella tappa pastorale.